И так, как же исправить баг MonoDevelop, когда не работают ctrl+c и ctrl+v? А очень просто, следуя следующим шагам:

- Открываете unity;

- Меняете на панеле раскладку клавиатуры вручную. То есть не комбинацией клавишей, а именно вручную, мышью с RU на EN;

- Открываете MonoDevelop;

- После открытия, раскладка сменится снова на RU. И снова меняете на панеле раскладку клавиатуры вручную с RU на EN.

Больше ничего не требуется. Теперь горячие клавиши в MonoDevelop будут работать.